Археологическая лаборатория впервые была организована на базе кафедры всеобщей истории историко-филологического факультета КГПИ Т. М. Потемкиной в 1966 г. после проведения первой студенческой археологической практики. Совместная работа лаборатории, сформировавшегося студенческого кружка и практикантов привело к появлению Курганской археологической экспедиции. Ее деятельность долгое была направлена на изучение эпохи бронзы лесостепного Притоболья, в частности были раскопаны такие могильники как Раскатиха, Субботино, Камышное, Верхняя Алабуга, а также ряд поселений. Эти исследования легли в основу построения схемы освоения Притоболья в этот период. Значительным вкладом в изучение истории нашего края стали раскопки знаменитого Шикаевского кургана раннего железного века, в котором было обнаружено первое в регионе «золотое» жреческое погребение. После отъезда Т.М. Потемкиной в Москву, глее она стала сотрудником Института археологии РАН, где она защитила кандидатскую диссертацию, и призыва в армию ее формального преемника и специалиста по мезолиту Н.Н.Куминова деятельность лаборатории была на некоторое время свернута.
           
В 1982 г. один из учеников Т.М.Потемкиной М.П.Вохменцев, который стал одним из ведущих археологов области, открыл святилище-обсерваторию Савин-1 периода энеолита. Именно изучению этого памятника всероссийского значения, во многом заложившего основы современной российской археоастрономии как особой сферы современной археологии, были посвящены несколько полевых сезонов. В результате в конце 1980-х гг. деятельностью экспедиции и лаборатории до своего ухода в Курганский областной краеведческий музей руководил М.П. Вохменцев, сферой интересов которого является неолит, энеолит и ранний бронзовый век, на тему энеолита им была защищена дисертация. Под его руководством при лаборатории появился не только студенческий, но и школьный кружок. Значительным вкладом в археологию региона стало не только изучение нескольких памятников неолита и энеолита, но и участие в работе над «Археологической картой Курганской области».

Осенью 1993 г. он перешел на работу в Курганский областной краеведческий музей, куда были переданы и все археологические коллекции. С этого года археологическими работами в КГПИ\КГУ руководил ученик М.П.Вохменцева С. Н. Шилов, который, будучи еще студентом, провел свои первые самостоятельные археологические разведки по Открытому листу в Белозерском районе Курганской области. В 1994 С.Н.Шилов поступил в аспирантуру и стал преподавателем кафедры всеобщей истории, при которой и была лаборатория, причем ее деятельность во многом зависела от необходимости организации и проведения полевой практики. Особенностью лаборатории в это время становится ее состав, который в отличие от предыдущего периода, был сформирован из членов школьного археологического кружка.
С 1995 года на историко-правоведческом факультете были возобновлены ежегодные археологические практики студентов 1 курса, и вместе с этим вернулся интерес к школьной археологии. На этой основе началось воссоздание научной деятельности лаборатории.

Под руководством С.Н. Шилова лаборатория возобновила активное изучение региона, были исследованны стоянка эпохи мезолита Черная Гора, поселения эпохи неолита-энеолита Пикушка-1, Дачное-2, Долговское-3, Гладунино-3, могильники бронзового века Алакуль, Субботино, Озерное, могильники раннего железного века Гладунино, Дачное, открыты десятки памятников археологии. Благодаря активной деятельности сотрудников археологическая лаборатория становится одним из основных центров по полевому изучению истории лесостепного Притоболья. В непростое время С.Н. Шилову удалось не только сохранить археологическую лабораторию, но и расширить спектр ее действия.

С 2002 г. на базе краеведческого музея членами лаборатории формируется своя археологическая экспедиция под руководством А.И.Кайдалова. Ими было полностью исследовано интересное городище финальной бронзы и средневековья Усть-Утяк-1, а по результатам авто раскопок зищити кандидатскую диссертацию.

В 2010 г. после скоропостижной смерти С.Н.Шилова руководство лабораторией и экспедицией было возложено на его ученика И.К.Новикова, а научную концепцию лаборатории разрабатывал Д.Н.Маслюженко, который был участником экспедиций с 1993 г. Были заключены договора о сотрудничестве с Южно-Уральским филиалом ИИА УрО РАН (г.Челябинск) и Институтом проблем освоения Севера СО РАН (г.Тюмень). Во главе с В.С.Мосиным началось комплексное обследование памятников каменного века (поселения Кочегарово и Ташково). Кроме того, был доисследован могильник бронзового и раннего железного веков Озерное, где найдено первое в регионе погребение с колесницей. Отдельнымы направлениями работы стал поиск памятников эпохи позднего средневековья и проведение городских археологических раскопок «Культурного слоя г.Кургана конца XVII-XIX вв.».

За 50 лет истории Курганская археологическая экспедиция и лаборатории стали важной частью региональной гуманитарной науки. Коллектив лаборатории под руководством Д.Н.Маслюженко стал лауреатом областной Молодежной премии за 2012 год. Даже в сложные 1990-е гг. удалось сохранить саму экспедицию, студенческий и школьный кружок, а также преемственность руководства и их научных идей.

Д.Н.Маслюженко, И.К.Новиков